Windows nutzt als Zeilenende CR+LF (Carriage Return + Line Feed) während Linux und andere Systeme nur LF verwenden.
Mit dem Editor vi hat man die unschönen ^M am Zeilenende schnell weg:
:%s/^M$//g
Allerdings muß man darauf achten, wie man diese Zeile eingibt. Das ^M wird eingegeben als STRG+V STRG+M. Nach Absenden des Befehls ist man die lästigen Zeichen los.